Ο Ναός της Παναγίας των Λιθινών ανάγεται στην εποχή του 9 ου αιώνα , ενώ οι τοιχογραφίες στον 13-14ο αιώνα . Στο τέμπλο του ξεχωρίζει ή Ιερά Εικόνα της «Παναγίας των Λιθινών» του 12 ου αιώνα , πλαισιωμένη με αναρίθμητα αφιερώματα, διότι είναι πολύ θαυματουργή, και είναι αντικείμενο ευλάβειας για τους πιστούς της ευρύτερης περιοχής του Νομού Λασιθίου.

Ο ναός της Παναγίας ανήκει στον τύπο του μονόχωρου καμαροσκεπούς ναού με δύο εγκάρσια ενισχυτικά τόξα και έχει διαστάσεις 5,35 Χ 8,60 μ. Στην νότια πλευρά του προσκτίσθηκαν διαδοχικά στα νεότερα χρόνια δύο ισομήκεις ναοί. Το εσωτερικό του ναού είναι κατάγραφο από τοιχογραφίες του 14ου αι. που διατηρούνται σε ικανοποιητική κατάσταση μόνο σε λίγα σημεία. Λόγω του σχετικά μεγάλου μεγέθους του ναού, το εικονογραφικό πρόγραμμα παρουσιάζεται ιδιαίτερα εκτεταμένο με ανεπτυγμένο τόσο τον χριστολογικό κύκλο (δεκαεννέα παραστάσεις) όσο και τον θεομητορικό (οκτώ παραστάσεις). Στο δυτικό τοίχο κυριαρχεί η Δευτέρα Παρουσία. Ενδιαφέρουσες είναι επίσης και οι εξαιρετικής τέχνης εικόνες του τέμπλου αλλά και τα ένθετα εφυαλωμένα (επισμαλτωμένα) πινάκια στην νότια όψη του ναού.