Τα Στενά του Νέστου αποτελούν τμήμα του ευρύτερου συστήματος του ποταμού Νέστου. Ο ποταμός Νέστος πηγάζει από το Β.Δ. τμήμα της οροσειράς της Ροδόπης, που σήμερα ανήκει στη Βουλγαρία, διατρέχει τους νομούς Δράμας, Καβάλας και Ξάνθης σε μήκος 130 χλμ., αποτελώντας το φυσικό σύνορο μεταξύ Θράκης και Μακεδονίας. Στη διαδρομή του ενισχύεται από παραποτάμους όπως ο Δεσπάτης, Αρκουδόρεμα και Διαβολόρεμα. Τα Στενά του Νέστου αποτελούνται από το τμήμα του ποταμού μεταξύ Σταυρούπολης και Γαλάνης, με τις παραποτάμιες περιοχές.

Τα Στενά του Νέστου διαμορφώνονται μεταξύ των ορέων Λεκάνης (προς Δυσμάς) και Αχλάδας (προς Ανατολάς) όπου σχηματίζεται μια ευρεία χαράδρα. Οι πλαγιές της χαράδρας σκεπάζονται από θαμνώνες και αραιά δάση, κυρίως με φυλλοβόλα δέντρα, ενώ στις όχθες του ποταμού αναπτύσσονται υδρόβια είδη δένδρων όπως πλατάνια, ιτιές, κλπ. Ο ποταμός κυλά ανάμεσα σε απότομες πλαγιές, παρουσιάζει μαιανδρισμούς, κατά τόπους μεγάλο βάθος και ταχύτητα ροής σε σχέση με το τμήμα του ποταμού πριν και ιδίως μετά τα Στενά. Οι όχθες του ποταμού έχουν μικρό πλάτος λόγω των απότομων πλαγιών, εκτός από την περιοχή Σταυρούπολης και Κομνηνών όπου έχει σχηματισθεί μια μικρή κοιλάδα.