Εκκλησία

Το Σπήλι είναι ένα γραφικό κεφαλοχώρι που βρίσκεται 30 χλμ νότια του Ρεθύμνου, στους πρόποδες μικρού βουνού, προέκταση του γνωστού βουνού Κέδρου. Το όνομα του χωριού μάλλον οφείλεται στη "σπηλαιώδη" θέα που βλέπει κανείς από εκεί. Αξίζει να περπατήσετε στα ανηφορικά καλντερίμια της πάνω γειτονιάς, εκεί που διατηρούνται και κατοικούνται ακόμα τα αρχοντικά πέτρινα σπίτια του χωριού. Σ' ένα απ' αυτά τα αρχοντικά γεννήθηκε ο Θανάσης Σκορδαλός, ένας από τους μεγαλύτερους λυράρηδες και δάσκαλος της κρητικής μουσικής. Ξαποστάστε για λίγο στη μικρή πλατεία του χωριού, με τις 17 μαρμάρινες κεφαλές λιονταριών, απ' όπου αναβλύζει πάντα δροσερό νερό.

Ο Ιερός Ναός των Αγίων Θεοδώρου και Χαραλάμπους (δίκλιτος), πρώην Μητροπολιτικός Ναός. Από όσα γνωρίζομε, αλλά και από τη μορφή του Ναού μαρτυρείται, παλαιότερο κλίτος είναι αυτό του Αγίου Θεοδώρου το οποίο και ήταν αγιογραφημένο (σήμερα δυστυχώς διασώζονται αγιογραφίες μόνο στην κόγχη του Ιερού Βήματος), νεότερο δε κατά πολύ αυτό του Αγίου Χαραλάμπους.
Εορτή του Αγίου Χαραλάμπους 10 Φεβρουαρίου.
Εορτή του Αγίου Θεοδώρου 17 Φεβρουαρίου.

Μικρός Ναός κατάγραφος στο κοιμητήριο του πάνω χωριού. Γιορτάζει στις 6 Αυγούστου

Ιερός Ναός Παναγίας Επανωχωρίου.
Στη θέση του σημερινού μεγαλοπρεπούς μονόκλιτου Ναού υπήρχε μικρό Εκκλησάκι, το οποίο, λόγω στενότητος χώρου, κατεδαφίστηκε πριν από 150 χρόνια περίπου. Από το Εκκλησάκι αυτό, παραμένει μόνο ένα μικρό τμήμα του Βόρειου τοίχου με αγιογραφίες. Ο Ιερός Ναός γιορτάζει στις 15 Αυγούστου.

Καθεδρικός (Μητροπολιτικός) Ναός του Αποστόλου Παύλου (τρίκλιτος) στο κέντρο του χωριού
Ο Ναός αυτός οικοδομήθηκε επί της Αρχιερατίας του αειμνήστου Μητροπολίτη (τότε Επισκόπου) Λάμπης και Σφακίων Ισιδώρου Ρουσοχατζάκη.

Η έναρξη των εργασιών ανέγερσης έγινε το έτος 1959 και η πρώτη λειτουργία σ’ αυτόν (έστω και ημιτελή) έγινε την Κυριακή των Βαΐων του έτους 1961. Έκτοτε και μέχρι σήμερα συνεχίζεται η ολοκλήρωση, η αγιογράφηση και ο εξοπλισμός του Ιερού Μητροπολιτικού Ναού του Αποστόλου Παύλου. Γιορτάζει στις 29 Ιουνίου. Το δεύτερο κλίτος του (δεξιό) είναι αφιερωμένο στον όσιο Ισίδωρο τον Πηλουσιώτη (4 Φεβρουαρίου) και το τρίτο (αριστερό) στον όσιο Νίκωνα τον Μετανοείτε (26 Νοεμβρίου).