Το σπήλαιο της "Αγίας Σοφίας" διανοίγεται στα δυτικά τοιχώματα του φαραγγιού των Τοπολίων, σε απόσταση 47 χλμ. από την πόλη των Χανίων. Αποτελείται από δύο αίθουσες σε διαφορετικά επίπεδα. Η κάτοψη του σπηλαίου είναι σχήματος περίπου κυκλικού με διάμετρο 50 μ. Το ύψος του είναι μεταβλητό και σε ορισμένα σημεία φθάνει τα 20 μ. Η είσοδος του έχει άνοιγμα 25 μ. και στο αριστερό της άκρο βρίσκεται το εκκλησάκι της Αγ. Σοφίας, διαστάσεων 6Χ3 μ.

Το σπήλαιο παρουσιάζει αρχαιολογικό και ιστορικό ενδιαφέρον.Ο P. Faure αναφέρει ότι εντόπισε χαρακτηριστικά όστρακα της νεολιθικής, κλασικής και ρωμαϊκής περιόδου. Το 1963 ο S. Hood ανακάλυψε ένα πήλινο ειδώλιο, που χρονολογείται στο τέλος του 4ου αι. π.Χ., καθώς και κεραμική νεολιθικών, πρωτομινωικών, υστερομινωικών ΙΙΙ, κλασικών, ελληνιστικών και ρωμαϊκών χρόνων.