Το Μουσείο βρίσκεται στα Νικιά, σε προνομιούχα θέση πάνω στα χείλη της καλδέρας, απ’ όπου προσφέρεται πανοραμική άποψη του εσωτερικού
της καλδέρας και του ηφαιστείου. Στον παραδοσιακό αυτό οικισμό υπήρχε ένα εγκαταλελειμμένο σχολείο το οποίο αποκαταστάθηκε από το σχετικό πρόγραμμα και φιλοξενεί σήμερα το Μουσείο, μετά από τις κατάλληλες αναμορφώσεις και διαρρυθμίσεις στο κτίριο. Το Μουσείο δίνει ζωή τον οικισμό και συμβάλλει στην γενικότερη ανάπτυξη του τουρισμού του νησιού προσφέροντας την υποδομή για ανάπτυξη μίας ακόμα νέας μορφής εναλλακτικού τουρισμού.
Οι κύριοι χώροι του Μουσείου φιλοξενούν τις εξής θεματικές ενότητες:
1.Γένεση και δομή ηφαιστείων
2.Ηφαιστειακές διεργασίες και προϊόντα
3.Τα ηφαίστεια της Ελλάδας
4.Το Ηφαίστειο Νισύρου
5.Τα άλλα ενεργά ηφαίστεια της Ελλάδας
6.Ηφαίστεια – Περιβάλλον – Άνθρωπος