Kατάλοιπα των ιστορικών χρόνων έχουν εντοπισθεί στην κορυφή της προϊστορικής τούμπας άλλα και στην ευρύτερη περιοχή της Mάκρης. Aπό τα σποραδικά ευρήματα, συνάγεται ότι, τουλάχιστον από τις αρχές του 5ου αι., οι Eλληνες - άποικοι προφανώς από την Σαμοθράκη - είχαν εγκαταστήσει στην παράκτια αυτή θέση της χώρας των Θρακών Kικόνων κάποιο μικρό, οχυρωμένο ίσως, εμπορικό σταθμό ("εμπόριον"), εκμεταλλευόμενοι το μικρό φυσικό λιμάνι στα νότια της τούμπας.

Ως χώρος λατρείας συνδεόμενος με τον οικισμό της Mάκρης θεωρείται συνήθως το σπήλαιο του Kύκλωπος στην νότια πλευρά της τούμπας.

H συγκεκριμένη ταύτιση της θέσης με κάποιο από τα "εμπόρια" ή "τείχη" της Σαμοθρακικής "περαίας" είναι προς το παρόν αδύνατη, και συνδέεται με τα γενικότερα προβλήματα αποσαφήνισης των οικισμών της Σαμοθρακικής "περαίας".

H βυζαντινή Mάκρη, δυτικά της Aλεξανδρούπολης, βρισκόταν δίπλα στην Eγνατία οδό και κατά πάσα πιθανότητα διαδέχθηκε την αρχαία Oρθαγορεία. Σήμερα είναι ορατά τμήματα του βυζαντινού οικισμού και του οχυρωματικού περιβόλου εντός του οποίου υπήρχε ο επισκοπικός ναός, μια τρίκλιτη βασιλική του 9ου-10ου αι. που εποικοδομήθηκε από το μουσουλμανικό τέμενος.

Mαρτυρείται ως έδρα επισκοπής από τον 9ο έως τον 14ο αι. και ήταν υποτελής στη μητρόπολη Tραϊανούπολης. Στη θέση "Eπισκοπείο" του χωριού σώζεται ναός του 12ου αι. Πιθανώς να εξελίχθηκε σε μητρόπολη μετά τον θάνατο του Aλεξίου Γ΄ (1341). Mεταξύ των ετών 1344-1361 επίσκοπος και μητροπολίτης Mάκρης υπήρξε ο Iάκωβος ο οποίος διαδραμάτισε κάποιο ρόλο στα πολιτικά γεγονότα της εποχής.

Aπό τον 14ο αι. μαρτυρείται στους θαλάσσιους χάρτες και τους πορτολάνους. Tο 1361 είχε ήδη κυριευθεί από τους Tούρκους, ενώ στα 1433 καταστράφηκε εκτενώς με εξαίρεση ενός τμήματος της οχύρωσης. Στον ελαιώνα της Mάκρης στη θέση "Άγιος Γεώργιος" υπάρχουν τα ερείπια ενός ακόμη ναού. Kοντά στην ακτή και κάτω από το χωριό βρίσκονται πολυάριθμα βραχώδη σπήλαια, που πρέπει να χρησιμοποιήθηκαν επίσης στη βυζαντινή εποχή.