Σε μεσημβρινό σημείο του χωριού βρίσκεται ο ιερός Ναός της Μετα­μορφώσεως του Σωτήρος κι είναι ο Ενοριακός ναός του χωριού, γι' αυτό κι η Ενορία αναγράφεται «Ενορία Ιερού Ναού Μεταμορφώσεως Κισσού». Ο ναός είναι δίκλιτος με σχέδιο δίκλιτης βασιλικής, χωρίς τρούλο, με τις στέγες ισοϋψείς, κεραμοσκεπείς και αμφικλινείς, καλαίσθητος κι εξωραϊσμένος. Της Μεταμορφώσεως εορταζόμενο το νότιο κλίτος είναι κατάγραφο με αγιογραφίες, αρκετά όμως αλλοιωμένες, κι είναι το καθ' εαυτό παλιό οικοδόμημα.

Αναφέρεται, αλλά μόνο ο ναός αυτός, από τον ΙΩΣΗΦ GEROLA στο έργο του «MONUMENT! VENETI NELL ISOLA DI CRETA». Κατά τη γνώμη του GEROLA όπως αναφέρει στο έργο του κτίστηκε ο ναός από το 13ο - 15ο αιώνα κι αναφέρει τ' ονοματεπώνυμο Δημήτριος Βεργίλης ως κτήτορα νου ναού και πράγματι σώζεται ακριβώς στο νοτιοδυτικό άκρο του εσωτερικού τοίχου η απεικόνιση της μορφής του.

Πάνω ακριβώς από τη φωτιστική θυρίδα της κόγχης του ιερού του παλιού κλίτους και μέσα σε πλαίσιο υπάρχει δυσανάγνωστη γραφή, που μάλλον πρόκειται για κάποιο ύμνο. Μεταγενέστερη προσθήκη είναι και το μικρό παράθυρο δίπλα από το ψαλτήρι-αναλόγιο, που μαζί με την ζημιά που προκάλεσε η προ­σθήκη του νεότερου κλίτους αλλοιώνουν αρκετά την παλιά αρχέτυπη κατασκευή του ναού της Μεταμορφώσεως.

Αναπαλαιώθηκε εξωτερικά από την Εφορεία Βυζαντινών Αρχαιοτήτων το 1975-76 και φαίνονται τώρα και ία δύο κλίτη σαν ενιαία κατασκευή. Έγινε δηλαδή η κεραμοστρωση της οροφής και τα εξωτερικά επιχρίσματα της λιθοδομής. Η προσπάθεια αυτή συνεχίστηκε με μεγάλο ζήλο από τον Ενορία, που με την καθοδήγηση της Αρχαιολογίας ξεμπαζώθηκε ο περίβολος και στη συνέχεια στρώθηκε με πλακόστρωτο, καθώς και εσωτερικά το δά­πεδο του ναού και σήμερα αποτελεί χώρο περίτεχνο και καλοφτιαγμένο.

Η Βορειοανατολική πλευρά του περιβόλου βρέθηκε με την εκσκαφή περιορισμένος αριθμός τάφων, χωρίς τίποτα το ιδιαίτερο, απόδειξη ότι χρησιμοποιήθηκε ως νεκροταφείο ο χώρος γύρω από την Εκκλησία σε μικρή κλίμακα και την ίδια χρονική περίοδο, μια και οι τάφοι ήταν στο ίδιο επίπεδο. Βέβαια αυτό είναι φαινόμενο συνηθισμένο.Αξιοπερίεργο είναι ότι βρέθηκε θαμμένος ανθρώπινος σκελετός αρκε­τά μεγαλόσωμος πάνω στην οροφή της εκκλησίας, εκεί που ενώνονται τα δυο κλίτη όταν γύρω στο 1930 αντικατέστησαν το αργιλόχωμα, κοινώς λεπίδα, που ήταν σκεπασμένη μέχρι τότε η Εκκλησία κι έβαλαν τσιμέντο. Με την αναπαλαίωση του ναού εξωτερικά κι εσωτερικά αντικαταστά­θηκε και το μέχρι τότε ξύλινο, αλλά πρόχειρο τέμπλο, από το σημερινό ξυλόγλυπτο.

Οι τέσσερις μεγάλες εικόνες του τέμπλου είναι: της Μεταμορφώσεως ιστορημένη το 1984 σε αντικατάσταση της μόνης παλιάς, αλλά ξεθωρια­σμένης εικόνας του Παντοκράτορα, που φυλάσσεται τώρα στο ιερό, της Παναγίας νεότερη αλλά αγνώστου χρονολογίας, της Αγίας Αικατερίνης του 1935 και έτεμη του Παντοκράτορα το 1934 και του Προδρόμου στο ενδιάμεσο των δύο κλιτών του 1938.

http://www.kissoscrete.gr/