Το Μουσείο ανεγέρθηκε το 1909 με δωρεά του Αλεξίου Αθανασάκη. Είναι ένα από τα σημαντικότερα ελληνικά μουσεία με πρωτότυπη χωροθέτηση. Στις αίθουσές του εκτίθενται αντικείμενα από τους νεολιθικούς οικισμούς του Σέσκλου και του Διμηνίου, πήλινα ειδώλια και σκεύη της γεωμετρικής εποχής από το κάστρο του Βόλου, τα Πευκάκια, τη Νεάπολη αλλά και από περιοχές του ευρύτερου θεσσαλικού χώρου, γλυπτά της κλασικής εποχής καθώς και σπάνια αρθρωτά ειδώλια, ανάγλυφα της αλεξανδρινής εποχής από τη Δημητριάδα. Ιδιαίτερα σημαντικό έκθεμα αποτελούν φυσικά οι σπάνιες γραπτές στήλες του 3ου π.Χ. αι., που διασώζουν στοιχεία ζωγραφικής των αρχαίων Ελλήνων σε μαρμάρινα έργα τέχνης.